第三条本法规定的传染病分为甲类、乙类和丙类。
甲类传染病是指：鼠疫、霍乱。
乙类传染病是指：传染性非典型肺炎、艾滋病、病毒性肝炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感、麻疹、流行性出血热、狂犬病、流行性乙型脑炎、登革热、炭疽、细菌性和阿米巴性痢疾、肺结核、伤寒和副伤寒、流行性脑脊髓膜炎、百日咳、白喉、新生儿破伤风、猩红热、布鲁氏菌病、淋病、梅毒、钩端螺旋体病、血吸虫病、疟疾。
丙类传染病是指：流行性感冒、流行性腮腺炎、风疹、急性出血性结膜炎、麻风病、流行性和地方性斑疹伤寒、黑热病、包虫病、丝虫病，除霍乱、细菌性和阿米巴性痢疾、伤寒和副伤寒以外的感染性腹泻病。
上述规定以外的其他传染病，根据其暴发、流行情况和危害程度，需要列入乙类、丙类传染病的，由国务院卫生行政部门决定并予以公布。
【释义】本条是对法定传染病病种的具体分类及增加乙类、丙类传染病病种权限的规定。
对于法定传染病的分类是根据传染病病种的传播方式、传播速度、流行强度以及对人体健康、对社会危害程度的不同，参照国际统一分类标准而划分的。判定的参考标准是：
一、甲类传染病，是指发病率高，治疗延误时引起病死率高，在人间传播速度快，波及面广，可能危及社会安全，流行时需要采取强制性隔离病人或者密切接触者，甚至采取疫区封锁或者交通卫生检疫等措施的烈性传染病。
二、乙类传染病，是指：
（一）发病率较高，引起高病死率，但传播能力有限，对社会造成一定危害，需要采取计划性疫苗接种，进行义务性、公众性检查与治疗，对传染源或者对传播环节进行系统控制等社会性控制工程的传染病。
（二）发病率较高，引起高病死率，能在人间传播但没有高致残率或者没有高致畸能力，对社会造成一定危害，需要采取计划性疫苗接种，进行义务性、公众性检查与治疗，对传染源或者对传播环节进行系统控制等社会性控制工程的传染病。
具备上述条件之一者可纳入乙类传染病。
三、丙类传染病，是指对社会和人民健康造成一定影响，需要开展主动性系统监测以掌握流行情况，需要建立和改善控制措施，开展防治的传染病。
根据上述原则，结合我国和世界传染病发生的疾病谱和流行趋势，并考虑到该传染病有明确的诊断方法、有力的防治措施、有效的防治效果、有效利用有限卫生资源等情况，将其纳入甲、乙类法定传染病管理。适当扩大丙类传染病病种，以加强监测管理。对于每一类传染病，又根据其生物学特征及危害程度等，按照病毒类、细菌类、寄生虫类及其他类顺序进行了排序。
与修订前《传染病防治法》比较，法定传染病病种分类的变化主要有：（1）将新发传染病：传染性非典型肺炎、人感染高致病性禽流感纳入到乙类法定传染病中进行管理；（2）将卫生部已经发文明确由丙类升为乙类的传染病：肺结核、血吸虫病、新生儿破伤风，纳入到乙类法定传染病进行管理。
需要说明的问题是：为什么将传染性非典型肺炎、人感染高致病性禽流感纳入到乙类法定传染病进行管理？
自2002年11月，广东地区出现首例传染性非典型肺炎（又称重症急性呼吸道综合征，简称SARS），在不到半年的时间里，就波及了国内24个省、自治区、直辖市。SARS作为一种新发传染病，人群普遍易感，对于人群健康的危害很大；加之，SARS（发现初期人们对其不了解，因此，造成一定的社会恐慌，对社会、经济的发展造成了巨大的负面影响。2003年4月8日，卫生部将传染性非典型肺炎列入法定传染病进行管理，并要求按照甲类传染病的防治措施进行防控。国际卫生条例认定的甲类传染病即国际检疫传染病为鼠疫、霍乱和黄热病，而我国规定的甲类传染病只有鼠疫、霍乱两种，因我国没有黄热病。对于SARS，世界卫生组织（简称WHO）只是发出了旅行警告，并没有将其定为国际检疫传染病。因此，我国将非典列为乙类传染病。但是，考虑到传染性非典型肺炎的特征，对社会、对人群的危害程度较大，目前尚未找到有效的治疗方法等因素，所以，我国将其按照甲类传染病采取预防、控制措施。
禽流感则是一种发病急、传染性强、传播迅速的急性呼吸道传染病。虽然我国大陆尚未发现人感染高致病性禽流感，但是，相邻国家及香港地区已经发生多起人感染该致病性禽流感，病死率也非常高。WHO把微生物分类为1—4级，危害程度由低到高，禽流感为3级。禽流感具有引起世界大流行的潜在危险因素，世界卫生组织正采取全球协作，加强全球流感的监测，以防人间禽流感的发生。考虑到英国、澳大利亚、新西兰等国家以及我国香港、台湾地区都将其列入法定传染病管理，WHO也建议各国将人感染高致病性禽流感列入法定传染病管理。为了加强对人感染高致病性食流感的预防控制工作，我国将其纳入乙类法定传染病进行管理。
传染病的病种很多，本法列举的传染病病种只是其中的一部分。随着致病性菌毒种的变化，人类社会的发展进步，科学技术的不断革新，还会有新的危害严重的传染病出现。因此本条款授权国务院卫生行政部门根据传染病暴发、流行情况和危害程度，需要列入乙类、丙类传染病的，决定并予以公布。在第四条中规定乙类传染病和突发原因不明的其他传染病需要采取甲类传染病控制的，由国务院卫生行政部门报国务院批准后予以公布、实施。
