《意见》要求，在统筹规划、加强棉花物流基础设施建设方面，畅通棉花物流通道，增强棉花物流节点功能。在提升棉花物流社会化、专业化水平方面，加快第三方棉花物流发展，积极发展先进运输组织方式等。
在推进棉花物流信息化、标准化和装备现代化建设方面，《意见》指出，要提升棉花物流信息化水平。特别提出，要加强北斗导航、物联网、云计算、大数据等先进信息技术在棉花物流领域的创新应用。加强棉花第三方监管网络和体系建设，完善不同信息系统数据交换标准体系，促进互联互通，支持构建集信息采集、库存监管、物流配送、货权登记、质量追溯、诚信管理等为一体的全国棉花物流公共信息服务体系，为企业提供链管理、供应链金融以及信息查询等集成服务。
根据指导意见的内容，将重点规划完善三大棉花物流通道，包括棉花物流通道，主要是满足新疆棉花及中亚国家进口棉花流入内地需求;内地棉花物流通道，主要是满足华东、华中、华北等地区棉纺企业用棉需求;沿海地区进口棉花物流通道，主要是满足国内企业对进口棉花的物流需求。
另外，研究开展棉花集装箱运输试点，打破制约棉花集装箱运输发展的“瓶颈”，建设从新疆到内地集收纳、集并、中转、运输、存放等为一体的棉花集装箱运输物流体系，实现“门到门”的棉花集装箱联运服务。
