《国家重点研发计划管理暂行办法》和《国家重点研发计划资金管理办法》都对国家重点研发计划的项目调整提出的要求。在《暂行办法》中第五章“项目实施”的第四十四条规定，项目实施中须对以下事项作出必要调整的，应按程序通过信息系统报批：
（一）变更项目牵头单位、课题承担单位、项目（含课题）负责人、项目实施周期、项目主要研究目标和考核指标等重大调整事项，由项目牵头单位提出书面申请，专业机构研究形成意见，或由专业机构直接提出意见，报科技部审核后，由专业机构批复调整；
（二）变更课题参与单位、研发骨干人员、课题实施周期、课题主要研究目标和考核指标等重要调整事项，由项目牵头单位提出书面申请，专业机构研究审核批复，并报科技部备案；
（三）其他一般性调整事项，专业机构可委托项目牵头单位负责，并做好指导和管理工作。
在《资金管理办法》中，也对项目预算的调剂范围和权限进行明确：
第三十六条 承担单位应当按照下达的预算执行。项目在研期间，年度剩余资金结转下一年度继续使用。预算确有必要调剂时，应当按照以下调剂范围和权限，履行相关程序：
（一）项目预算总额调剂，项目预算总额不变、课题间预算调剂，课题预算总额不变、课题参与单位之间预算调剂以及增减参与单位的，由项目牵头承担单位或课题承担单位逐级向专业机构提出申请，专业机构审核评估后，按有关规定批准。
（二）课题预算总额不变，课题直接费用中材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、其他支出预算如需调剂，课题负责人根据实施过程中科研活动的实际需要提出申请，由课题承担单位批准，报项目牵头承担单位备案。设备费、差旅/会议/国际合作交流费、劳务费、专家咨询费的预算一般不予调增，需调减用于课题其他直接支出的，可按上述程序办理调剂审批手续；如有特殊情况确需调增的，由项目（课题）负责人提出申请，经项目牵头承担单位同意后，报专业机构批准。
（三）课题间接费用预算总额不得调增，经课题承担单位与课题负责人协商一致后，可以调减用于直接费用。
目前对调整事项的处理范畴，科技部相关司局下发的文件有明确要求：
项目牵头单位可就项目任务书约定的、项目执行过程中发生变化的、可能影响项目任务目标完成的有关事项的调整，向相关专业机构提出书面申请；专业机构也可根据项目年度、中期检查等情况直接提出调整意见。在项目执行期结束前6个月内，项目牵头单位原则上不应提出调整事项申请。
通常情况下调整的事项分为四类：
（1）重大调整事项。包括变更项目牵头单位、课题承担单位、项目（课题）负责人、项目实施周期、项目主要研究目标和考核指标等调整事项；以及由上述情况导致的项目预算总额调剂，项目预算总额不变、课题问预算调剂等资金调整事项。（由项目牵头单位提出书面申请，专业机构研究形成意见，或由专业机构直接提出意见，报科技部审核后，由专业机构批复调整。）
（2）重要调整事项。包括变更课题参与单位、项目骨干人员、课题实施周期、课题主要研究目标和考核指标等调整事项；以及课题预算总额不变、课题参与单位之间预算调剂，课题预算总额不变、限制调增的科目支出（设备费、差旅/会议/国际合作交流费、劳务费、专家咨询费）需要调增等资金调整事项。（由项目牵头承担单位或课题承担单位逐级向专业机构提出申请，专业机构审核评估后，按有关规定批准，并报科技部备案）
（3）项目撤销或终止事项。包括经实践证明，项目技术路线不合理、不可行，或项目无法实现任务书规定的进度且无改进办法；项目执行中出现严重的知识产权纠纷；完成项目任务所需的资金、原材料、人员、支撑条件等未落实或发生改变导致研究无法正常进行；组织管理不力或者发生重大问题导致项目无法进行；项目实施过程中出现严重违规违纪行为，严重科研不端行为，不按规定进行整改或拒绝整改；项目任务书规定其它可以撤销或终止的情况。
（4）其他一般性调整事项。由项目牵头单位负责批准的其他调整事项，例如项目骨干以外的其他参加人员调整、《国家重点研发计划资金管理办法》规定的交由项目牵头单位批准或备案的调整事项等。
为了防止随意调整的问题，文件提出了相关管理要求：
1.项目牵头单位不得以调整事项为由，影响项目的正常实施。项目研发人员不应以申报新项目为目的，退出现有项目研发团队；项目（课题）负责人和项目骨干退出项目研发团队后，在原项目执行期内原则上不得牵头或参与申报新的国家科技计划重大项目（含国家科技重大专项和国家重点研发计划项目）。
2.对于因非正当理由致使项目撤销或终止的，专业机构应通过调查核实或后评估明确责任人和责任单位，依规进行科研诚信记录。
3.专业机构应做好调整事项处理的留痕管理，及时对项目调整事项申请、专家咨询、调查评估、处理等相关工作记录进行归档；对于同一项目频繁申请调整的情况，要加强项目过程监督管理，对于涉及严重失信的调整事项要依规进行科研诚信记录。
